Auf der Bindungsreaktion von Loratadin mit humanem Serum Akut – Phase – Protein alpha – 1-saures Glyco protein
Loratadin ist ein wichtiges antiallergisches Medikament. Es ist ein Antihistaminikum der zweiten Generation zur Behandlung von allergischer Rhinitis, Heuschnupfen und Urtikaria. Humanes Alpha-1-Säure-Glykoprotein (AG) ist ein wichtiges Akute-Phase-Protein, dessen Serumkonzentration bei Entzündungen und akuten Reaktionen ansteigt. Die Bindungswechselwirkung zwischen Loratadin und AG wird mit Spektroskopie und molekularen Docking-Techniken untersucht. Die aus Fluoreszenzlöschungsexperimenten erhaltenen Ergebnisse zeigten, dass die Fluoreszenzintensität von AG durch Loratadin gelöscht wird. Loratadin bindet AG mit einer Bindungskonstante von ≈10 4 bei 298 K.
Es wurde festgestellt, dass die Änderung der freien Energie nach Gibb für die Wechselwirkung von Loratadin mit AG negativ ist, was darauf hindeutet, dass der Bindungsprozess spontan ist. Die Bindung von Loratadin an AG induzierte geordnete Strukturen im Protein. Wasserstoffbrückenbindungen und hydrophobe Wechselwirkungen waren die Hauptbindungskräfte zwischen AG-Loratadin, wie durch molekulare Docking-Ergebnisse gezeigt wurde. Diese Studie legt die Bedeutung der räumlichen Bindung eines antiallergischen Arzneimittels an AG bei Erkrankungen nahe, bei denen die Plasmakonzentration von AG um ein Vielfaches ansteigt und die Wechselwirkung mit diesem Protein signifikant wird. Diese Studie wird bei der Gestaltung der Arzneimitteldosierung und der entsprechenden Anpassung helfen, um ein optimales Behandlungsergebnis zu erzielen. Übermittelt von Ramaswamy H. Sarma.
Gezielte Protein – Abbau durch schnelle o
Schnell wachsende SARS-CoV-2 B.1.1.7 Unter Linie in den Vereinigten Staaten von Amerika mit Spike – Protein D178H und Membranprotein V70L Mutationen
Zusammenfassung Die SARS-CoV-2 B.1.1.7-Linie ist hoch ansteckend und machte im April 2021 92 % der COVID-19-Fälle in Europa und 59 % der COVID-19-Fälle in den USA aus. Sie wird durch die N501Y-Mutation definiert defined in der Rezeptorbindungsdomäne (RBD) des Spike (S)-Proteins und einigen anderen Mutationen. Dazu gehören zwei Mutationen in der N-terminalen Domäne (NTD)des S-Proteins, HV69-70del und Y144del (aufgrund der Anwesenheit von Tyrosin an beiden Positionen auch als Y145del bekannt). Wir haben kürzlich mehrere neue bedenkliche SARS-CoV-2-Varianten identifiziert, die durch Mutationen des Membranproteins (M) gekennzeichnet sind, einschließlich I82T und V70L. Wir identifizieren nun eine Unterlinie von B.1.1.7, die durch sequentielle Akquisitionen von M:V70L im November 2020 entstanden ist, gefolgt von einer neuartigen S:D178H-Mutation, die erstmals Anfang Februar 2021 beobachtet wurde.
Der Anteil der B.1.1.7-Isolate in den USA, die zu dieser Unterlinie gehören, stieg von 0,15 % im Februar 2021 auf 1,8 % im April 2021. Bis heute scheint diese Unterlinie US-spezifisch zu sein, mit gemeldeten Fällen in 31 Staaten, einschließlich Hawaii. Im April 2021 machte es 36,8% aller B.1.1.7-Isolate in Washington aus. Die phylogenetische Analyse und die Übertragungsinferenz mit Nextstrain legen nahe, dass diese Unterlinie wahrscheinlich ihren Ursprung in Kalifornien oder Washington hat . Die Strukturanalyse ergab, dass die S:D178H-Mutation in der NTD des S-Proteins und in der Nähe von zwei anderen Signaturmutationen von B.1.1.7, HV69-70del und Y144del liegt. Es ist oberflächenexponiert und kann die tertiäre Konfiguration oder Zugänglichkeit von NTD verändern und hat daher das Potenzial, die Neutralisation durch NTD-gerichtete Antikörper zu beeinflussen.
Description: A polyclonal antibody raised in Rabbit that recognizes and binds to Human CSP . This antibody is tested and proven to work in the following applications:
Description: A polyclonal antibody for detection of CSP from Human, Mouse, Rat. This CSP antibody is for WB, ELISA. It is affinity-purified from rabbit antiserum by affinity-chromatography using epitope-specific immunogenand is unconjugated. The antibody is produced in rabbit by using as an immunogen synthesized peptide derived from the C-terminal region of human CSP at AA range: 100-180
Description: A polyclonal antibody for detection of CSP from Human, Mouse, Rat. This CSP antibody is for WB, ELISA. It is affinity-purified from rabbit antiserum by affinity-chromatography using epitope-specific immunogenand is unconjugated. The antibody is produced in rabbit by using as an immunogen synthesized peptide derived from the C-terminal region of human CSP at AA range: 100-180
Description: A polyclonal antibody for detection of CSP from Human, Mouse, Rat. This CSP antibody is for WB, ELISA. It is affinity-purified from rabbit antiserum by affinity-chromatography using epitope-specific immunogenand is unconjugated. The antibody is produced in rabbit by using as an immunogen synthesized peptide derived from the C-terminal region of human CSP at AA range: 100-180
Description: DNAJC5 is a member of the J protein family. J proteins function in many cellular processes by regulating the ATPase activity of 70 kDa heat shock proteins. The encoded protein (DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C5) plays a role in membrane trafficking and protein folding, and has been shown to have anti-neurodegenerative properties. The encoded protein is known to play a role in cystic fibrosis and Huntington's disease. A pseudogene of DNAJC5 is located on the short arm of chromosome 8.
Description: DNAJC5 is a member of the J protein family. J proteins function in many cellular processes by regulating the ATPase activity of 70 kDa heat shock proteins. The encoded protein (DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C5) plays a role in membrane trafficking and protein folding, and has been shown to have anti-neurodegenerative properties. The encoded protein is known to play a role in cystic fibrosis and Huntington's disease. A pseudogene of DNAJC5 is located on the short arm of chromosome 8.
Description: DNAJC5 is a member of the J protein family. J proteins function in many cellular processes by regulating the ATPase activity of 70 kDa heat shock proteins. The encoded protein (DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C5) plays a role in membrane trafficking and protein folding, and has been shown to have anti-neurodegenerative properties. The encoded protein is known to play a role in cystic fibrosis and Huntington's disease. A pseudogene of DNAJC5 is located on the short arm of chromosome 8.
Description: A polyclonal antibody raised in Goat that recognizes and binds to Human DNAJC5 / CSP (aa177-191). This antibody is tested and proven to work in the following applications:
Schnelle dreidimensionale Formbestimmung von globulären Proteinen durch Mobilitätskapillarelektrophorese und native Massenspektrometrie
Etablierte Hochdurchsatz-Proteomik-Methoden liefern nur begrenzte Informationen über die Stereostrukturen von Proteinen. Herkömmliche Technologien zur Bestimmung der Proteinstruktur erfordern typischerweise mühsame Schritte und können nicht mit hohem Durchsatz durchgeführt werden. Hier berichten wir über eine neue Methode mit mittlerem Durchsatz durch die Kombination von Mobilitätskapillarelektrophorese (MCE) und nativer Massenspektrometrie (MS) zur dreidimensionalen (3D) Formbestimmung von globulären Proteinen in der flüssigen Phase , die sowohl die geometrische Struktur als auch die molekularen Masseninformation von Proteinen.
Es wurde eine Theorie aufgestellt , um den hydrodynamischen Ionenradius und die Ladungszustandsverteilung im nativen Massenspektrum mit geometrischen Parametern des Proteins zu korrelieren , wodurch eine niedrigaufgelöste Struktur (Form) des Proteins bestimmt werden konnte. Unsere Testdaten von 11 verschiedenen globulären Proteinen zeigten, dass wir mit diesem Ansatz die Formen einzelner Proteine, Proteinkomplexe und Proteine in einer Mischung bestimmen und Protein-Konformationsänderungen verfolgen können. Neben der Bereitstellung komplementärer Proteinstrukturinformationen und der Fähigkeit zur Mischungsanalyse ist diese auf MCE und nativer MS basierende Methode schnell und hat einen geringen Probenverbrauch, was sie potenziell in der Top-Down-Proteomik und Strukturbiologie für intakte globuläre Protein- oder Proteinkomplexanalysen einsetzbar macht.
Schnelle Oberflächenimmobilisierung nativer Proteine durch katalysatorfreie Amino-In-Klick-Biokonjugation
Die Oberflächenimmobilisierung bietet eine nützliche Plattform für Biosensorik, Wirkstoffscreening, Tissue Engineering und andere chemische und biologische Anwendungen. Allerdings sind einige der verwendeten Reaktionen ineffizient und / oder kompliziert, die Begrenzung ihrer Anwendungen in der Immobilisierung. Hier verwenden wir eine spontane und katalysatorfreie Amino-In-Klick-Biokonjugation , um mit aktivierten Ethinylgruppen funktionalisierte Oberflächen für die schnelle Immobilisierung nativer Proteine und Zellen zu erzeugen .
Biomoleküle wie Rinderserumalbumin (BSA) , humanes IgG und ein Peptid von C(RGDfK) konnten in nur 30 min kovalent auf den Oberflächen immobilisiert werden. Insbesondere bleibt die Bioaktivität der verankerten Biomoleküle intakt, was durch effizientes Einfangen von Zielantikörpern und -zellen aus den Massenlösungen bestätigt wird. Diese Strategie stellt eine Alternative für eine hocheffiziente Oberflächenbiofunktionalisierung dar.
ptogenetische Aktivierung und seine Anwendung auf die Steuerung von Cell Signaling
Die Entwicklung von Methoden für den optisch ausgelösten Proteinabbau ermöglicht die Untersuchung dynamischer Proteinfunktionen, wie sie beispielsweise an der Zellsignalübertragung beteiligt sind und die mit herkömmlichen genetischen Techniken nur schwer untersucht werden können. Hier beschreiben wir das Design und die Implementierung eines neuartigen lichtgesteuerten Peptid-Degrons, das den Abbau des N-Ende-Wegs zu seinem Proteinziel überträgt. Das Degron umfasst eine photoaktivierbare N-terminale Aminosäure und einen lysinreichen 13-Reste-Linker. Durch das Einschließen des N-terminalen Rests konnten wir die N-Degron-Erkennung durch eine E3-Ligase optisch kontrollieren und somit die Ubiquitinierung und den proteasomalen Abbau des Zielproteins kontrollieren.
Wir demonstrieren eine breite Anwendbarkeit, indem wir diesen Ansatz auf eine Vielzahl von Zielproteinen anwenden , darunter EGFP, Glühwürmchen-Luciferase, die Kinase MEK1 und die Phosphatase DUSP6 (auch bekannt als MKP3). Das Käfig-Degron kann mit minimalem Protein-Engineering verwendet werden und bietet einen praktisch vollständigen, lichtgesteuerten Proteinabbau im Sekunden- bis Minutenbereich.
Description: A DNA sequence encoding the mature variant of ov-VEGF-E isolate D1701 (Dehio et al., 1999; GenBank accession No. AF106020) was expressed in E. coli as a 132 amino acid residue fusion protein with an N-terminal His-tag sequence and a thrombin cleavage site. Recombinant VEGF-E homodimer was dimerized in vitro and has a predicted mass of approximately 35 kDa. Based on sequence similarity to VEGF-A, a gene encoding a VEGF homologue has recently been discovered in the genome of Orf virus (OV) (Lyttle et al., 1994). Different isolates of Orf virus show significant amino acid sequence similarity to VEGF-A and described as a viral virulence factor that appears to be derived from captured host genes. All eight Cysteine residues of the central Cysteine knot motif characteristic of members of the VEGF family are conserved among other residues in the VEGF-E proteins (Dehio et al., 1999; Wise et al., 1999). Alignment of all mammalian VEGF sequences indicated that VEGF-E is distinct from the previously described VEGFs but most closely related to VEGF-A. Like VEGF-A, VEGF-E was found to bind with high affinity to VEGF receptor-2 (KDR) resulting in receptor autophosphorylation, whilst in contrast to VEGF-A, VEGF-E cannot bind to VEGF receptor-1 (Flt-1). Furthermore VEGF-E can also not bind to VEGF receptor-3 (FLT-4). Therefore VEGF-E is a potent angiogenic factor selectively binding to VEGF receptor –2/KDR.
Description: A DNA sequence encoding the mature variant of ovVEGF-E isolate D1701 (Dehio et al., 1999; GenBank accession No. AF106020) was expressed in E. coli as a 132 amino acid residue fusion protein with an N-terminal His-tag sequence and a thrombin cleavage site. Recombinant VEGF-E homodimer was dimerized in vitro and has a predicted mass of approximately 35 kDa. Based on sequence similarity to VEGF-A, a gene encoding a VEGF homologue has recently been discovered in the genome of Orf virus (OV) (Lyttle et al., 1994). Different isolates of Orf virus show significant amino acid sequence similarity to VEGF-A and described as a viral virulence factor that appears to be derived from captured host genes. All eight cysteine residues of the central cysteine knot motif characteristic of members of the VEGF family are conserved among other residues in the VEGF-E proteins (Dehio et al., 1999; Wise et al., 1999). Alignment of all mammalian VEGF sequences indicated that VEGF-E is distinct from the previously described VEGFs but most closely related to VEGF-A. Like VEGF-A, VEGF-E was found to bind with high affinity to VEGF receptor-2 (KDR) resulting in receptor autophosphorylation, whilst in contrast to VEGF-A, VEGF-E can not bind to VEGF receptor-1 (Flt-1). Furthermore VEGF-E can also not bind to VEGF receptor-3 (FLT-4). Therefore VEGF-E is a potent angiogenic factor selectively binding to VEGF receptor –2/KDR.
Description: A DNA sequence encoding the mature variant of ovVEGF-E isolate D1701 (Dehio et al., 1999; GenBank accession No. AF106020) was expressed in E. coli as a 132 amino acid residue fusion protein with an N-terminal His-tag sequence and a thrombin cleavage site. Recombinant VEGF-E homodimer was dimerized in vitro and has a predicted mass of approximately 35 kDa. Based on sequence similarity to VEGF-A, a gene encoding a VEGF homologue has recently been discovered in the genome of Orf virus (OV) (Lyttle et al., 1994). Different isolates of Orf virus show significant amino acid sequence similarity to VEGF-A and described as a viral virulence factor that appears to be derived from captured host genes. All eight cysteine residues of the central cysteine knot motif characteristic of members of the VEGF family are conserved among other residues in the VEGF-E proteins (Dehio et al., 1999; Wise et al., 1999). Alignment of all mammalian VEGF sequences indicated that VEGF-E is distinct from the previously described VEGFs but most closely related to VEGF-A. Like VEGF-A, VEGF-E was found to bind with high affinity to VEGF receptor-2 (KDR) resulting in receptor autophosphorylation, whilst in contrast to VEGF-A, VEGF-E can not bind to VEGF receptor-1 (Flt-1). Furthermore VEGF-E can also not bind to VEGF receptor-3 (FLT-4). Therefore VEGF-E is a potent angiogenic factor selectively binding to VEGF receptor –2/KDR.
Description: A DNA sequence encoding the mature variant of ov-VEGF-E isolate D1701 was expressed in E. coli as a 132 amino acid residue fusion protein with an N-terminal His-tag sequence and a thrombin cleavage site. Recombinant VEGF-E homodimer was dimerized in vitro and has a predicted mass of approximately 35 kDa. Based on sequence similarity to VEGF-A, a gene encoding a VEGF homologue has recently been discovered in the genome of Orf virus (OV). Different isolates of Orf virus show significant amino acid sequence similarity to VEGF-A and described as a viral virulence factor that appears to be derived from captured host genes. All eight Cysteine residues of the central Cysteine knot motif characteristic of members of the VEGF family are conserved among other residues in the VEGF-E proteins. Alignment of all mammalian VEGF sequences indicated that VEGF-E is distinct from the previously described VEGFs but most closely related to VEGF-A. Like VEGF-A, VEGF-E was found to bind with high affinity to VEGF receptor-2 (KDR) resulting in receptor autophosphorylation, whilst in contrast to VEGF-A, VEGF-E cannot bind to VEGF receptor-1 (Flt-1). Furthermore VEGF-E can also not bind to VEGF receptor-3 (FLT-4). Therefore VEGF-E is a potent angiogenic factor selectively binding to VEGF receptor –2/KDR.
Recombinant Virus VEGF E (Orf Virus) Protein, His, E.coli-1mg
Description: A DNA sequence encoding the first 116 amino acid residue of Orf virus VEGF-E isolate D1701 (Dehio et al., 1999 EMBO J. 18:363-374; GenBank accession No. AF106020) was fused with a DNA sequence encoding to the C-terminal heparin binding domain of human VEGF165. The chimeric protein was expressed in insect cells using a baculovirus expression system. Based on sequence similarity to VEGF-A, a gene encoding a VEGF homologue has recently been discovered in the genome of Orf virus (OV) (Lyttle et al., 1994 J. Virol 68:84-92). Different isolates of orf virus show significant amino acid sequence similarity to VEGF-A and described as a viral virulence factor that appear to be derived from captured host genes. All eight cysteine residues of the central cysteine knot motif characteristic of members of the VEGF family are conserved among other residues in the VEGF-E proteins (Dehio et al., 1999 EMBO J. 18:363-374; Wise et al., 1999 Proc. Natl. Acad. Sci USA 96:3071-3076). Alignment of all mammalian VEGF sequences indicated that VEGF-E is distinct from the previously described VEGFs but most closely related to VEGF-A. Like VEGF-A, VEGF-E was found to bind with high affinity to VEGF receptor-2 (KDR) resulting in receptor autophosphorylation, whilst in contrast to VEGF-A, VEGF-E and hb-VEGF-E can not bind to VEGF receptor-1 (Flt-1). Therefore VEGF-E is a potent angiogenic factor selectively binding to VEGF receptor–2/ KDR. Compared to human VEGF165 this virus form has no heparin-binding domain and seems to be a freely secreted protein comparable to VEGF121. In order to compare this form with human VEGF165, an additional heparin-binding domain was engineered at the C-terminus to allow interaction with proteo-aminoglycans and heparan sulfate. These form is also able to interact with neuropillin–1.
Orf virus VEGF-E, Heparin-binding Recombinant Protein
Description: A DNA sequence encoding the first 116 amino acid residue of Orf virus VEGF-E isolate D1701 (Dehio et al., 1999 EMBO J. 18:363-374; GenBank accession No. AF106020) was fused with a DNA sequence encoding to the C-terminal heparin binding domain of human VEGF165. The chimeric protein was expressed in insect cells using a baculovirus expression system. Based on sequence similarity to VEGF-A, a gene encoding a VEGF homologue has recently been discovered in the genome of Orf virus (OV) (Lyttle et al., 1994 J. Virol 68:84-92). Different isolates of orf virus show significant amino acid sequence similarity to VEGF-A and described as a viral virulence factor that appear to be derived from captured host genes. All eight cysteine residues of the central cysteine knot motif characteristic of members of the VEGF family are conserved among other residues in the VEGF-E proteins (Dehio et al., 1999 EMBO J. 18:363-374; Wise et al., 1999 Proc. Natl. Acad. Sci USA 96:3071-3076). Alignment of all mammalian VEGF sequences indicated that VEGF-E is distinct from the previously described VEGFs but most closely related to VEGF-A. Like VEGF-A, VEGF-E was found to bind with high affinity to VEGF receptor-2 (KDR) resulting in receptor autophosphorylation, whilst in contrast to VEGF-A, VEGF-E and hb-VEGF-E can not bind to VEGF receptor-1 (Flt-1). Therefore VEGF-E is a potent angiogenic factor selectively binding to VEGF receptor–2/ KDR. Compared to human VEGF165 this virus form has no heparin-binding domain and seems to be a freely secreted protein comparable to VEGF121. In order to compare this form with human VEGF165, an additional heparin-binding domain was engineered at the C-terminus to allow interaction with proteo-aminoglycans and heparan sulfate. These form is also able to interact with neuropillin–1.
Description: A DNA sequence encoding the mature variant of ovVEGF-E isolate D1701 (Dehio et al., 1999; GenBank accession No. AF106020) was expressed in E. coli as a 132 amino acid residue fusion protein with an N-terminal His-tag sequence and a thrombin cleavage site. Recombinant VEGF-E homodimer was dimerized in vitro and has a predicted mass of approximately 35 kDa.
